המערכת הצבאית המשפטית היא מערכת נפרדת לחלוטין מהמערכת המשפטית האזרחית. יחד עם זאת, מכיון ומדובר במסגרת נוקשה השומרת על כללים וחוקים ברורים, ביצוע עבירות במסגרת