חישוב מאוחד לבני הזוג
בסעיף 65 לפקודת מס הכנסה נקבע עיקרון כללי ביחס למיסוי של הכנסות בני זוג. לפי חוק זה יש למסות את בני הזוג כיחידה אחת, כך שההכנסות שלהם ייראו כהכנסה חייבת של אחד מהם והיא תחויב על שמו.
כלומר, לפי דיני עבודה, כאשר שני בני הזוג עובדים ומרוויחים, אין משמעות מי מבני הזוג רשום. סעיף 64 קובע שבני הזוג יכולים להודיע לפקיד השומה מי משניהם יהיה בן הזוג שההכנסות יירשמו על שמו. זאת, בתנאי שההכנסה של אותו בן זוג בשנה שלפני כן, לא הייתה נמוכה ב-25% מההכנסה של בן או בת הזוג.
אם בשנה מסוימת ההכנסה של בן הזוג הרשום נמוכה מאותם 25%, פקיד השומה רשאי להחליף ולשנות את בן הזוג הרשום.
סעיף 38 בפקודת מס הכנסה קובע שבני זוג יכולים ליהנות מחישוב מאוחד וממספר נקודות זיכוי נוספות (נסיעות, ילדים, גיל פרישה, נכות ועוד), בנוסף לנקודות הזיכוי של בן הזוג הרשום. זאת, כאשר ההכנסה היא מעבודה, עסק, משלח יד, או קצבאות שמוגדרות כיגיעה אישית.
אם ההכנסה של בן הזוג שאינו רשום לא עולה על פי 5 נקודות זיכוי לפי סעיף 38 , אזי ההכנסה שלו לא תצורף להכנסה של בן הזוג הרשום וגם לא נקודות הזיכוי שלו. למעשה, במקרה זה לא ייעשה חישוב מאוחד למרות שאולי חישוב מאוחד דווקא ישתלם להם.
כלומר, כשבן הזוג הרשום מפסיד, ואין התערבות של פקיד השומה בזהות של מי שרשום, כדאי לבני הזוג לאחד את החישוב כי ההפסד של מי שרשום מתקזז מההכנסה של בן זוגו. במצב זה נהנים בני הזוג ממה שנקרא "הטבת נישואין".
חישוב נפרד לבני הזוג
בסעיף 66 לפקודת מס הכנסה נקבעים מקרים שבהם יכולה להיות חריגה מכלל זה ויאושר חישוב של מס נפרד לכל אחד מבני הזוג.
סעיף 66ד' לפקודה קובע היום שבן זוג לא יוכל לבקש חישוב הכנסה נפרד אלא אם כן "הכנסת בן הזוג האחד באה ממקור הכנסה שהוא בלתי תלוי במקור ההכנסה של בן הזוג השני".
המשמעות של סעיף זה היא שניתן לבקש חישוב נפרד רק במצב שבו לא קיימת תלות בין מקורות ההכנסה השונים של בני הזוג.
בהמשך של סעיף 66ד' מצוינים מצבים שבהם קיימת תלות בין מקורות ההכנסה של שני בני הזוג. בנוסף, חישוב נפרד יוכל להיעשות רק על הכנסה שמגיעה לסכום של 48,960 שקלים ובתנאי שמתקיימים התנאים שמצוינים בסעיף, כאשר הנטל להוכחת תנאים אלה מוטל על בני הזוג.
בשנת 2012 נתן בית המשפט העליון פסק דין עקרוני בסוגיה שעסקה בדרך חישובי המס לגבי הכנסות של בני זוג. לפי הפרשנות של בית המשפט העליון, בכל מקרה שבו יש תלות בין מקורות ההכנסה של שני בני הזוג – ההכנסה שלהם תחושב במשותף. קביעה זו תקפה גם במקרים שבהם גובה ההכנסה לא נובע משיקולים של מס. יחד עם זאת, בית המשפט העליון קרא למחוקק לבחון את ההסדר שנקבע בפקודה. בעקבות זאת, פרסמה הממשלה בשנת 2013 הצעת חוק לתיקון פקודת מס הכנסה מספר 198.